Các enzyme sử dụng trong kỹ thuật tạo dòng

Similar documents
Phương pháp học cây quyết định Decision Tree

Giới thiệu về Nhãn Sinh thái

Centre for Organisational Effectiveness Trung Tâm vì Hiệu Quả Quản Lý

Phương pháp học Bayes Bayesian classification

Phân tích hướngđối tượng UML

XCS. Reference Guide. XCS Contact Center Plans Comparison

Do yêu cầu công việc mỗi công tác công nhân sẽ làm thêm 1 giờ mỗi ngày, số giờ tăng ca được tính toán:

SỰ SAO CHÉP DNA. DNA là vật chất di truyền. Thí nghiệm về biến nạp của Griffith. DNA mang tín hiệu di truyền. Thí nghiệm của Frederick Griffith (1928)

THÔNG TIN GIẢNG VIÊN

TCVN TIÊU CHUẨN QUỐC GIA * NATIONAL STANDARD

So, how ERP revolutionise manufacturing process?

Tuyển tập Báo cáo Hội nghị Sinh viên Nghiên cứu Khoa học lần thứ 6 Đại học Đà Nẵng

2016 BÁO CÁO CỦA BAN KIỂM SOÁT REPORT OF SUPERVISORY BOARD

PHƯƠNG PHÁP XUYÊN TĨNH, KHẢ NĂNG ỨNG DỤNG VÀ ƯU NHƯỢC ĐIỂM CỦA NÓ CONE PENETRATION TEST METHOD, ADVANTAGE AND DISADVANTAGE

WORKSHEET 06: LẬP TRÌNH GIAO DIỆN TRONG MATLAB

Quy Tắc Ứng Xử. Bộ Quy tắc Ứng xử AMMPL (BME) Đối với Tham nhũng, Lao động Trẻ em và Liên kết Kinh doanh

ĐIỀU KHIỂN LẬP TRÌNH PLC (30 tiết) Mục tiêu

B2C :30: 08:30 08:35 : 08:35 09:50: & 09:50 10:05 : 10:05 10:25 : 10:25 11:00 : 11:00 11:15 : Q&A

Thiết kế và thi công cừ biển cốt polymer

THÔNG TIN VỀ LUẬN VĂN THẠC SĨ

INTERNATIONAL STANDARD 22000

Chương 2: CÁC KỸ THUẬT NỀN CỦA CNSH HIỆN ĐẠI (tiếp theo)

Mục Lục. Phamvana.wordpress.com MỤC LỤC...1 LỜI NÓI ĐẦU...4

TRACE 700 Load Design Mode

Chương III CÁC CẤU TRÚC VÀ CHIẾN LƯỢC DÙNG CHO VIỆC TÌM KIẾM TRONG KHÔNG GIAN TRẠNG THÁI

QUẢN LÝ NHÀ NƯỚC ĐỐI VỚI DỊCH VỤ LOGISTICS Ở CẢNG HẢI PHÒNG

Bảng chú giải thuật ngữ và từ viết tắt ITIL. Việt Nam

CÁC KỸ THUẬT CHỈ THỊ DNA TRONG NGHIÊN CỨU VÀ CHỌN LỌC THỰC VẬT

Kiểu Dữ Liệu, Biến, Lệnh If, Vòng Lặp

Sử dụng & theo dõi chống đông máu trong ECMO. Bs. Lê Đức Thắng Đơn vị PT Tim mạch-viện Tim Mạch-Bv Bạch Mai

NGHIÊN CỨU ẢNH HƯỞNG CỦA ĐIỀU KIỆN SẤY ĐỐI LƯU ĐẾN THÀNH PHẦN DINH DƯỠNG CỦA BỘT NẤM MÈO Auricularia auricula-judae

HƯỚNG DẪN CỦA OECD/OECD GUIDELINES

HIỆU QUẢ CỦA PHÂN HỮU CƠ TRONG CẢI THIỆN NĂNG SUẤT KHÓM TRÊN ĐẤT PHÈN TẠI HỒNG DÂN- BẠC LIÊU

Hoàn thiện chính sách phát triển ngành công nghiệp thức ăn chăn nuôi của Việt Nam

Application Reference Letter

VIE: Greater Mekong Subregion Ben Luc-Long Thanh Expressway Project - Tranche 1

KHẢO SÁT VIỆC SỬ DỤNG THUỐC TẠI PHÒNG KHÁM NỘI KHỚP KHOA KHÁM BỆNH BỆNH VIỆN AN GIANG TRÊN ĐỐI TƢỢNG BỆNH NHÂN CÓ THẺ BẢO HIỂM Y TẾ

NGHIÊN CỨU ỨNG DỤNG CÔNG NGHỆ HÀN TỰ ĐỘNG DƯỚI LỚP THUỐC ĐỂ HÀN THÉP HỢP KIM THẤP ĐỘ BỀN CAO Q345B

ĐỀ XUẤT LỰA CHỌN PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ĐÁNH GIÁ GIÁ TRỊ KINH TẾ CÁC HỆ SINH THÁI BIỂN VIỆT NAM

Ủy ban Basel về Giám sát Ngân hàng Ngân hàng Thanh toán Quốc tế. Các nguyên tắc tăng cường quản trị công ty đối với các tổ chức ngân hàng

CÁC DỰ ÁN LỚN PREMIUM PROJECTS

Các kỹ thuật PCR và ứng dụng BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ****0O0****

XÂY DỰNG VÀ THỰC HIỆN CÁC GIẢI PHÁP DỰA VÀO HỆ SINH THÁI TẠI VIỆT NAM. Vũ Long

Gluten-Free Certification Program Chương trình chứng nhận sản phẩm không chứa gluten (gluten free)

CƠ SỞ LÝ THUYẾT HÓA HỌC

NGHIÊN CỨU ĐA HÌNH MỘT SỐ GIỐNG TẰM DÂU BẰNG KỸ THUẬT RAPD

Trình tự motiz. Bởi: Wiki Pedia

PHƯƠNG PHÁP PHÂN TÍCH PHỔ NGUYÊN TỬ

Breakout Group Session II. Group Presentations Friday, 27 September

XÁC ĐỊNH ĐOẠN MÃ VẠCH ADN CHO TRÀ HOA VÀNG TAM ĐẢO (Camellia tamdaoensis): LOÀI CÂY ĐẶC HỮU CỦA VIỆT NAM

YẾU TỐ TÀI NGUYÊN DU LỊCH TRONG NĂNG LỰC CẠNH TRANH ĐIỂM ĐẾN DU LỊCH THỪA THIÊN HUẾ

CÁC MÁY NÂNG HẠ. Chương 1: GV. Nguyễn Hải Đăng *****

Ecological Services Analysis: Some Evidences and Policy Implications for Socio- Economic Development of Ecosystems of Việt Trì City, Phú Thọ Province

Bài Giảng: Máy Nâng Chuyển ***** Chương 1: MÁY NÂNG HẠ. GV. Nguyễn Hải Đăng.

Tel: Fax:

1. GIỚI THIỆU CHUNG Khái niệm dự án. Dự án

Collaborating to Reduce Lead Poisoning in Vietnam

HỆ ĐIỀU HÀNH. GV: Lương Trần Hy Hiến Khoa: Công nghệ Thông tin.

Giáo trình cơ sở dữ liệu. Biên tập bởi: Ngô Trần Thanh Thảo

GIẢI PHÁP CỦA GS1 QUẢN LÝ HÀNG HÓA, TÀI SẢN TRONG VẬN TẢI & LOGISTIC

Advancing ASEAN Sustainable Farming Network. Vietnam

Tiếng anh chuyên ngành Thổ nhưỡngvà Môi trường đất NXB Đại học quốc gia Hà Nội Tr

SHARING THE PROJECT BUILDING EFFICIENCY ACCELERATOR (BEA) IN DA NANG CITY

QUẢN LÝ NHÀ NƯỚC ĐỐI VỚI DỊCH VỤ LOGISTICS Ở CẢNG HẢI PHÒNG

CÔNG TY CỔ PHẦN CÔNG NGHỆ THỜI VIỆT VIET AGE TECHNOLOGY JOINT STOCK COMPANY

BỘ CÔNG THƯƠNG BÁO CÁO. Logistics Việt Nam LOGISTICS: TỪ KẾ HOẠCH ĐẾN HÀNH ĐỘNG NHÀ XUẤT BẢN CÔNG THƯƠNG

The wastewater quality from several industrial production branches and traditional production villages in the Day-Nhue river basin, North Vietnam

BÁO CÁO CẬP NHẬT TIN TỨC

NGHIÊN CỨU KHẢ NĂNG ĐẦU TƯ XÂY DỰNG NHÀ MÁY SẢN XUẤT XÚC TÁC FCC TẠI VIỆT NAM

Glossary of auditing terms and Vietnamese equivalents

Vietnam Course programme July-August 2007

HIỆU QUẢ CỦA ĐÔ T NHIỆT CAO TÂ N (RFA)TRÊN UNG THƯ BIỂU MÔ TẾ BÀO GAN KHÔNG ĐÁP ỨNG HOÀN TOÀN VỚI THUYÊN TĂ C HO A TRI QUA ĐÔ NG MA CH(TACE)

Management and monitoring of air and water pollution by using GIS technology

Nguyên nhân suy thoái môi trường: Thất bại thị trường (quyền sở hữu)

Tổng quan về In-situ TEM ứng dụng trong các nghiên cứu vật lý, hóa học và năng lượng

ECONOMIC ANALYSIS ON PRODUCTION OF HIGH QUALITY RICE IN CUULONG DELTA, VIETNAM

Thời gian làm bài 60 phút, không kể thời gian giao đề Mã đề thi: 235 Đề thi gồm có 50 câu Họ và tên thí sinh:...số báo danh:...

Y HỌC THỰC HÀNH (893) - SỐ 11/ TÀI LIỆU THAM KHẢO. LÊ THỊ HƯƠNG GIANG Bệnh viện 198 HÀ VĂN NHƯ Trường ĐH Y tế công cộng

Distribution of saline and freshwater in groundwater in Thai Binh province and solution for reasonable exploitation

DEVELOPMENT OF FORECAST MODEL FOR DOMESTIC WATER DEMAND IN HUNG NHAN TOWN, HUNG HA DISTRICT, THAI BINH PROVINCE

ĐIỀN TỪ VÀO ĐOẠN VĂN Part 3

STUDY ON HERMETICALLY SEALED STORAGE SYSTEM FOR RICE SEEDS

PHƯƠNG PHÁP GIẢI QUYẾT BÀI TOÁN BẰNG MÁY TÍNH SỐ

Bang thong ke ket qua xo so nam 2015

USING NET PRESENT VALUE METHOD IN ECONOMIC EFFICIENCY ANALYSIS FOR FOREST PLANTATION: PROBLEMS AND SOLUTIONS

System of Rice Intensification (SRI): Scientific Bases and An Eco-Agriculture Approach

PHÂN TÍCH XÁC ĐỊNH DẠNG CÁC KIM LOẠI NẶNG Zn, Cd, Pb VÀ Cu TRONG TRẦM TÍCH THUỘC LƯU VỰC SÔNG CẦU

THE EFFICIENCY OF USING THE RICE STRAW COMPOST TREATED WITH TRICHODERMA

VIETNAM HOSPITALITY INDUSTRY ON THE WAY OF SUSTAINABLE WATER USE

KHÁNG OVALBUMIN DÙNG PHÁT HIỆN OVALBUMIN TRONG VACXIN CÚM A/H5N1

Adaptation to Saline Intrusion in the Coastal Area of Vĩnh Châu, the Vietnamese Mekong Delta

LAND EVALUATION (LE) đất Mobi: :

Course Revision. Truong Tuan Anh CSE-HCMUT

NHỮNG VẤN ĐỀ MÔI TRƯỜNG VEN BIỂN VÀ PHỤC HỒI RỪNG NGẬP MẶN Ở VIỆT NAM

Urban Governance Challenges: Evidence and Implication from PAPI

MÁY VẬN CHUYỂN LIÊN TỤC

Bucket Elevator. 1

WORKSHOP ON STRENGTHENING INTERGRATED INTERMODAL TRANSPORT CONNECTIVITY FOR SOUTHEST AND SOUTH-SOUTHWEST ASIA

ASSESSMENT THE PROCESS OF ECOLOGICAL ENGINEERING APPLICATION IN HAI DUONG

GIÁO TRÌNH MÔN HỌC ĐIỀU KHIỂN LOGIC

Transcription:

Các enzyme sử dụng trong kỹ thuật tạo dòng 1.Restriction endonuclease 2.Các enzyme biến đổi DNA Nuclease: ExonucleaseIII,DNaseI,nucleaseS1 DNA polymerase: DNA pol.i,rtase,rna pol. Enzymes biến đổi đầu cuối DNA: Polynucleotide kinase,terminal trasferase 3.DNA ligase I. Các enzyme cắt giới hạn (RE) 1. Nguồn gốc 2. Phân loại II. Kỹ thuật di truyền 1. Vector tạo dòng 2. Tế bào chủ 3. Kỹ thuật tạo dòng A. Chiến lược tạo dòng B. PCR 4. Thư viện gen A. Thư viện bộ gen B. Thư viện cdna Vai trò sinh học của RE Hệ thống biến đổi giới hạn-restriction enzyme được hoạt động cùng với hệ thống methylase. Methylases là enzyme thêm nhóm methyl vào nucleotide chuyên biệt (vào A hay C) trong trình tự nhận biết (recognition sequence). Sự methyl hóa ngăn chặn sự nhận biết của restriction enzyme. Do đó, restriction enzyme trong một tế bào không phân cắt DNA của chính nó. Tuy nhiên restriction enzyme có thể phân cắt DNA ngoại lai xâm nhập vào trong tế bào như của bacteriophage. Restriction Enzyme (RE) Được tìm thấy trong các loài vi khuẩn khác nhau là các endonuclease có khả năng thủy giải DNA mạch đôi ở những vị trí xác định Vi khuẩn sử dụng restriction enzyme để bảo vệ chúng khỏi các DNA ngoại lai Vi khuẩn có một cơ chế để bảo vệ DNA của chúng khỏi hoạt động của các restriction enzyme của bản thân. Các RE hợp thành hệ thống bảo vệ ở prokaryote, chưa có hệ thống tương tự nào được phát hiện ở eukaryote. Chúng được phân lập và sử dụng cho các phòng thí nghiệm Restriction Endonucleases Loại I- có nhiều tiểu đơn vị,có hoạt tính endonuclease và methylase, cắt một cách ngẫu nhiên tại vị trí cách vị trí nhận biết (recognition sequence) 1000 bp Loại II- cắt DNA ngay vị trí nhận biết, không cần ATP, hầu hết ở dạng đơn phân Loại III- có nhiều tiểu đơn vị, có hoạt tính endonuclease và methylase cắt cách 25 bp từ recognition sequence 1

RE hoạt động như thế nào? Restriction Enzyme Vị trí nhận biết của enzyme Restriction enzyme (endonulease) cắt DNA tại trình tự đặc hiệu Những loại cầu nối nào bị RE cắt? Cầu nối đồng hóa trị (trong một chuỗi) Cầu nối hydrogen (giữa hai chuỗi) Cầu nối hydrogen Dò GGACGCTAGCTGATGAATTCGCATCGGATCCGAATCCGCTCTTTCAA CCTGCGATCGACTACTTAAGCGTAGCCTAGGCTTAGGCGAGAAAGTT Trình tự đặc hiệu GGACGCTAGCTGATGAATTCGCATCGGATCCGAATCCGCTCTTTCAA CCTGCGATCGACTACTTAAGCGTAGCCTAGGCTTAGGCGAGAAAGTT GGACGCTAGCTGATG CCTGCGATCGACTACTTAA Enzyme nhận biết 4-, 6- hoặc 8- cặp base, trình tự lặp đảo (palindromic sequence) Cầu nối đồng hóa trị Hoạt động của RE Cắt Mỗi enzyme cắt DNA tại một trình tự đặc biệt restriction site AATTCGCATCGGATCCGAATCCGCTCTTTCAA GCGTAGCCTAGGCTTAGGCGAGAAAGTT Enzyme Nguồn từ vi sinh Trình tự nhận biết EcoRI Escherichia coli 5' GAATTC 3 3' CTTAAG 5 TaqI Thermus aquaticus HindIII Haemophilus influenzae 5' TCGA 3 3' AGCT 5 5'AAGCTT 3 3'TTCGAA 5 BamHI Bacillus amyloliquefaciens 5' GGATCC 3 3' CCTAGG 5 AluI Arthrobacter luteus 5' AGCT 3 3' TCGA 5 Các RE phổ biến EcoRI Escherichia coli 5 nhô ra 3 GAATTC 3 CTTAAG 5 HindIII 5 Haemophilus influenzae 5 nhô ra 5 3 AAGCTT 3 TTCGAA 5 PstI Providencia stuartii 3 nhô ra 5 3 CTGCAG 3 CACGTC 5 2

Trình tự lặp đảo Đầu dính và đầu bằng Khi các enzyme cắt, chúng có thể tạo ra Đầu dính: một số RE, vị trí cắt lệch nhau trên hai mạch. Trong trường hợp này các đầu dính có thể bắt cặp trở lại Đầu bằng: một số RE cắt hai mạch DNA tại cùng một điểm, sau khi cắt hai đầu bằng không có khả năng tự kết hợp lại. Để nối chúng lại phải dùng enzyme T4 ligase. Enzyme cắt 5 3 5 3 G CTTAA 3 5 5 3 GAATTC 3 CTTAAG 5 AATTC 3 G 5 Tạo ra đầu 5 nhô ra (theo hướng 5 ) Đầu bằng: quá trình nối sau này không đặc hiệu 5 GAA TTC 3 3 CTT AAG 5 HaeIII HaeIII là một restriction enzyme dò trên phân tử DNA cho đến khi tìm thấy một trình tự của 4 base 5 TGACGGGTTCGAGGCCAG 3 3 ACTGCCCAAGGTCCGGTC 5 5 TGACGGGTTCGAGGCCAG 3 3 ACTGCCCAAGGTCCGGTC 5 Khi trình tự xác định được tìm ra HaeIII sẽ cắt DNA Những sản phẩm này được gọi với tên đầu bằng = blunt ends 5 TGACGGGTTCGAGG 3 ACTGCCCAAGGTCC CCAG 3 GGTC 5 5 TGACGGGTTCGAGGCCAG 3 3 ACTGCCCAAGGTCCGGTC 5 3

Tên của restriction enzyme đến từ: Loại vi khuẩn mà enzyme được tìm thấy Thứ tự mà restriction enzyme được xác định và phân lập. EcoRI là một ví dụ Chủng R của vi khuẩn E.coli I là restriction enzyme đầu tiên của E.coli được khám phá. Ứng dụng RE Việc sử dụng RE có ý nghĩa quyết định trong sự phát triển của sinh học phân tử eukaryote. Chúng cho phép cắt nhỏ bộ nhiễm sắc thể khổng lồ ở eukaryote Các RE chủ yếu được sử dụng trong việc tạo dòng với mục đích tạo ra một số lượng lớn các bản sao của một trình tự DNA xác định. Chúng cũng được ứng dụng để lập bản đồ cắt giới hạn (restriction map) vào việc phân tích so sánh bộ gen ở các loài khác nhau thông qua kỹ thuật RFLP (Restriction Fragments Length Polymorphism Tính đa hình kích thước của các trình tự giới hạn) Bản đồ enzyme cắt giới hạn 4

Polymerase DNA pol xúc tác sự tổng hợp DNA theo chiều 5 3 như: Các enzyme thông dụng khác DNA pol I (Klenow pol): polylerase 5 3, exonuclease 3 5 T4 DNA pol: giống Klenow pol nhưng exonuclease 3 5 mạnh hơn Taq pol: phân lập từ Thermus aquaticus Pfu pol : phân lập từ Pyroccus furiosus Reverse transcriptase:do các Retrovirus sản sinh DNA terminal transferase: li trích từ tuyến ức bê RNA pol tham gia vào việc tổng hợp RNA theo chiều 5 3, thông dụng nhất là: SP6 RNA polymerase: có nguồn từ phage xâm nhiễm Salmonella typhimurium T3 và T7 RNA polymerase: có nguồn gốc từ phage xâm nhiễm E.coli Các ligase Đây là enzyme xúc tác cho phản ứng nối giữa hai đoạn DNA (DNA ligase) hay RNA (RNA ligase). Có các ligase sau: T4 DNA (RNA) ligase: li trích từ phage T4 xâm nhiễm E. coli T4 polynucleotide kinase: li trích từ phage T4 xâm nhiễm E. coli Alkaline phosphastase: li trích từ E. coli hay từ ruột bê Các nuclease Đây là nhóm phân cắt DNA hay RNA. Gồm các enzyme chính sau: DNAase I: có nguồn gốc từ tụy tạng bò Nuclease S1: ly trích từ Aspergillus oryzae Exonuclease III: tách chiết từ E. coli RNAase A: hiện diện khắp mọi nơi RNAase H: dùng trong tổng hợp cdna Tạo dòng phân tử (molecular cloning) - Tạo dòng phân tử dùng kỹ thuật di truyền phân lập và làm thuần một gen: + Tách và phân đoạn DNA nguồn + Gắn các đoạn DNA bị cắt vào vector dòng hóa + Biến nạp và giữ DNA tái tổ hợp trong tế bào chủ: ngân hàng DNA (DNA library, DNA bank) + Phát hiện và làm thuần dòng mục tiêu + Nuôi cấy dòng mục tiêu để ly trích và nghiên cứu DNA tái tổ hợp 5

Tái tổ hợp DNA Tái tổ hợp DNA sử dụng restriction enzyme Quan trọng: Để nối hai mảnh DNA lại với nhau chúng phải được cắt bằng một loại enzyme cắt giới hạn Câu hỏi Loại cầu nối nào do DNA Ligase tạo ra? Cầu nối đồng hóa trị (giữa nucleotide trong một chuỗi DNA) Tại sao? Restriction enzyme và DNA ligase có thể được sử dụng để tạo DNA tái tổ hợp, DNA có thể được cắt nối lại với nhau từ các nguồn khác nhau Tạo dòng (Cloning) có nghĩa là gắn một đoạn DNA (một gen vào một vector tạo dòng (cloning vector) sau đó đặt vào một tế bào sống ( Biến nạp ) để khuếch đại gen mục tiêu. Tại sao phải tạo dòng DNA? Sử dụng các DNA được tạo dòng là cách đầu tiên xây dựng bản đồ cắt giới hạn phân tích giải trính tự DNA được tạo dòng Sử dụng DNA tạo dòng làm probe xác định rõ mức độ phiên mã, kích thước của mrna Sử dụng DNA tạo dòng như một probe để xác định DNA tương tự trong các loài khác nhau hoặc tạo thành thư viện tạo dòng Sản xuất thật nhiều gen được tạo dòng (Ví dụ insulin protein) Sử dụng tạo dòng để tạo antisense mrna cho gene silencing Tạo một reporter gene để xác định sự biểu hiện của gen DNA Cloning Khuếch đại các đoạn DNA Nguồn DNA để tạo dòng DNA nhiễm sắc thể (bao gồm DNA được dùng và không được dùng ) mrna được chuyển thành cdna PCR- khuếch đại DNA mục tiêu Công cụ tạo dòng Restriction endonuclease để cắt DNA DNA Ligase để nối DNA Vector để gắn DNA Tế bào chủ để khuếch đại DNA Công cụ để chuyển DNA tái tổ hợp vào tế bào chủ Công cụ để giữ DNA trong tế bào chủ Công cụ để xác định xem tế bào nào đã được tạo dòng thành công (tầm soát) 6

Thể mang gen: vector Một vector cần có các đặc điểm tiêu chuẩn sau: Có khả năng tự sao chép trong tế bào chủ, sao chép không phụ thuộc vào tế bào chủ Có đặc tính giúp dễ xác định tế bào có chúng Mang những vị trí nhận biết duy nhất của các enzyme cắt giới hạn Có kích thước càng nhỏ càng tốt, dễ xâm nhập, sao chép nhanhhiệu quả. Có số lượng bản sao trong tế bào cao Các vector cần biểu hiện thì phải có promoter mạnh Sự khác nhau của các vector tạo dòng Loại tế bào mà chúng có thể vào Cách thức mà chúng xâm nhập (bằng biến nạp hay bằng cách xâm nhiểm của virus/phage) Độ lớn của đoạn DNA ngoại lai mà chúng có thể mang Vị trí cắt giới hạn chính xác của enzyme cắt giới hạn Sự ổn định của DNA khi được chèn vào Những khía cạnh quan tâm Hiệu quả tạo dòng Số lượng bản sao (trên một tế bào chủ) Khả năng tầm soát (ví dụ hệ thống Lac Z) Thể mang gen: vector Vector: phân tử DNA kích thước nhỏ dùng để mang gen, sao chép, thao tác trên gen Vector tạo dòng và vector biểu hiện Vector tạo dòng: chuyển và lưu trữ gen tái tổ hợp trong tế bào chủ, nhân bản, thao tác, phân tích sau đó trên DNA tái tổ hợp sẽ dễ dàng hơn Vector biểu hiện: tạo sản phẩm của gen tái tổ hợp ở mức phiên mã, dịch mã, phân tích trình tự điều hòa sự biểu hiện của gen Plasmid là các vector tạo dòng Vị trí cắt hạn chế duy nhất để chèn DNA mục tiêu (vùng polylinker), có thể nằm cắt ngang gen lacz mã hóa cho Beta-galactosidase, một enzyme chuyển khuẩn lạc thành màu xanh khi hiện diện X-gal (khuẩn lạc chuyển thành màu tráng khi có một đoạn DNA ngoại lai chèn thành công vào vùng polylinker và làm bất hoạt gen lacz ) Có promoter mạnh nằm ở hai phía của vùng polylinker để biểu hiện DNA được tạo dòng. Một oric Marker chọn lọc (Ví dụ. Gen kháng kháng sinh) nếu không có biến nạp vi khuẩn sẽ chết (chắc chắn rằng chỉ có những vi khuẩn được biến nạp thành công mới sống) 7

Plasmid Plasmid là những đoạn DNA ngắn (2-5kb) dạng chuỗi xoắn kép, dạng vòng, có thể tự nhân đôi độc lập với DNA bộ gen Có số bản copy cao trong tế bào E. coli (100) Gen khác kháng sinh (marker chọn lọc, VD. AmpR; có nghĩa là E. coli có khả năng kháng khi biến nạp thành công nhận được plasmid) Tạo dòng tốt với đoạn DNA 5-10 kb (nhỏ) Rất dễ sử dụng Các loại plasmid Plasmid thế hệ thứ nhất: tìm thấy trong tự nhiên ( ColE1, psc101 ) Plasmid thế hệ thứ hai: plasmid nhân tạo (pbr322: kích thước 4364 bp, mang hai gen ApR, TetR và 20 vị trí nhận biết duy nhất của các enzyme cắt giới hạn) Plasmid thế hệ thứ ba: đây là các plasmid mạnh hiện nay có hai đặc tính cơ bản Kích thước nhỏ Có mang một polylinker 8

Vector tạo dòng là phage + Bacteriophage vector Được thiết kế để đi vào chu trình tan Tạo dòng tốt với những đoạn DNA lớn (10-23 kb) Phage không dễ thao tác như plasmid Phage được loại bỏ 1/3 bộ gen chỉ giữ lại vùng chứa gen xâm nhập, tự sao và lắp ghép DNA ngoại lai được đưa vào tế bào chủ qua phage này, nhân bản và lưu trữ cùng với phage Vector phage chứa ít trình tự nhận biết của enzyme cắt giới hạn + Thực khuẩn thể M13 + Bộ gen mạch đơn có kích thước 6,4 kb + Thường dùng để giải trình tự DNA + Phagemid Kết hợp giữa bacteriophage và plasmid Tạo ra + đóng gói ssdna với sự trợ giúp của phage Hoặc có thể biến nạp vào E. coli khi nó thể hiện giống một plasmid (kích thước hạn chế giống một plasmid) Ví dụ. pbluescript (pbs) Có promoter phage T3 và T7 trên mỗi hướng cho việc tổng hợp ssrna in vitro 9

Các vector tạo dòng khác + Cosmid Thiết kế nhân tạo bởi sự kết hợp được ưu điểm plasmid DNA và trình tự cos từ phage Khi vào trong tế bào chủ, có khả năng sao chép như plasmid. Plasmid tái tổ hợp bền hơn trong tế bào chủ Nhưng trình tự cos cho phép đóng gói DNA vào phage để tải nạp vào tế bào khác Rất tốt để tạo dòng những đoạn gen rất lớn DNA (32-47 kb). Hiệu suất chuyển gen cao hơn Plasmids càng lớn thì càng khó thao tác BAC Nhiễm sắc thể nhân tạo vi khuẩn Dùng để tạo dòng những đoạn DNA rất lớn vào E. coli (tốt và ổn định sử dụng trong tạo dòng HGP) Có chứa ORI của nhân tố f; sử dụng giống plasmid Eukaryotic vector VD. Ti plasmid của Agrobacterium tumefaciens dùng để tạo dòng ở thực vật. VD. YAC (Nhiễm sắc thể nhân tạo nấm men) Kích thước 10kb mang được DNA 150 1000kb. Sao chép như một nhiễm sắc thể bình thường của nấm men. dùng để tạo bản đồ vật lý bộ gen ví dụ bộ gen người (nhưng không bền như BAC) 10

Ưu điểm của Prokaryote 1. Phát triển nhanh 2. Thao tác dễ dàng Tế bào chủ - E. coli: + Tế bào chủ phổ biến nhất, dễ nuôi, sinh sản nhanh + Vi sinh vật gây bệnh cơ hội + Không tiết enzyme - Bacillus subtilis: + Không gây bệnh, không tạo nội độc tố, tiết protein + Pasmid không ổn định trong tế bào chủ - Saccharomyces cerevisiae: + Tế bào eukaryote được nghiên cứu di truyền kỹ nhất + Sử dụng để thể hiện gen eukaryote - Virút động vật (SV40, retrovirus ): + Dùng để dòng hóa gen vào tế bào hữu nhũ, cơ chế tiềm tan Nhược điểm của Prokaryote 1. 2. 3. 4. Không thể tách các intron ra Intron cần thiết cho sự biểu hiện của gen Kích thước DNA đưa vào vi khuẩn bị hạn chế Prokaryote không có cơ chế glycosyl hóa protein Cải tiến tế bào chủ E. coli Thông thường E. coli dùng để tạo dòng thường được cải tiến: Loại bỏ các hệ thống sửa đổi hạn chế bằng cách gây đột biến trong hệ thống sửa đổi hạn chế nội sinh Hệ thống tái tổ hợp DNA được sửa đổi để ngăn chặn sự tái tổ hợp Thay đổi hoạt tính endonuclease nhằm làm tăng lượng plasmid tích lũy trong tế bào Các bước của kỹ thuật tạo dòng 1. Cô lập gen mục tiêu, cô lập plasmid DNA 2. Thao tác trên DNA a,b. Cắt - Restriction enzyme c. Nối - DNA ligase 3. Biến nạp vào vi khuẩn 4. Chọn lọc vi khuẩn đã biến nạp thành công. 5. Xác định dòng vi khuẩn mang gen cần tạo dòng 11

Quá trình tạo dòng một gen ngưới trong một vector tạo dòng là plasmid vi khuẩn có thể được chia thành 5 bước Polycloning site Gen kháng kháng sinh. Nếu chèn vào một gen sử dụng Pst I restriction enzyme, kết quả tế bào kháng tetracycline nhưng không kháng ampicillin resistant. Tại sao? Gen kháng kháng sinh Vector tạo dòng điển hình Antibiotic resistance important to help select for organisms that are transformed with the plasmid Copyright 2002 Pearson Education, Inc., publishing as Benjamin Cummings Chèn DNA ngoại lai Gen đích Biến nạp Sử dụng cùng một loại restriction endonuclease để cut cloning vector và the host chromosome. Tại sao?? Phương pháp khuếch đại và thu nhận gene từ vi khuẩn với plasmid Phương pháp khuếch đại và thu nhận gene từ vi khuẩn với plasmid Hiện diện cloning vector cho phép chọn lọc trên agar có chứa kháng sinh. Các tế bào không chứa cloning vector thì không có tính kháng kháng sinh Phương pháp khuếch đại và thu nhận gene từ vi khuẩn với plasmid 12

Plasmid tái tổ hợp Tạo plasmid tái tổ hợp Biến nạp plasmid vào E. coli Tái tạo dòng (subcloning) Thư viện DNA Tái tạo dòng là kiểu đơn giản nhất của thí nghiệm tạo dòng, là quá trình chuyển DNA đã được tạo dòng từ vector này sang vector khác để biểu hiện nó trong một chủng chủ nhất định. Dựa vào bản chất của DNA cần tạo dòng người ta phân biệt hai loại thư viện gen: thư viện bộ gen và thư viện cdna Các bước cơ bản của tái tạo dòng cũng tương tự như tạo dòng 13

Thư viện bộ gen (Genomic) Thư viện bộ gen của một sinh vật là tập hợp tất cả các trình tự DNA cấu thành bộ gen đã được gắn vào vector. Các vector tái tổ hợp sau đó được đưa vào tế bào chủ. Các tế bào chủ sau đó được nuôi cấy trên môi trường và tạo thành các dòng. Thư viện bộ gen thường được lập cho prokaryote Bộ sưu tập các dòng với ít nhất một bản sao cho mỗi đoạn DNA được tạo dòng trong YAC hay BAC Thư viện cdna Thư viện cdna là tập hợp các bản sao cdna từ tất cả các mrna của một tế bào. Như vậy không giống với thư viện bộ gen, thư viện cdna được thiết lập từ một tế bào xác định trong đó gen cần nghiên cứu phải biểu hiện thành mrna Thường được lập cho eukaryote cdna được tổng hợp từ mrna trưởng thành (eukaryote) (Không có các đoạn intron) sử dụng enzyme Reverse transcriptase, RNase H, DNA Polymerase I, và nuclease S1. Thư viện bộ gen 14

Thư viện cdna Tuyển chọn dòng mục tiêu Có thể sử dụng một kháng thể được đánh dấu để xác định protein được chọn Đặt một vài khuẩn lạc vào màng lai; phá vỡ tế bào Mẫu dò trên màng lai với một kháng thể đặc hiệu cho protein chọn Hoặc sử dụng một mẫu dò DNA (probe) bổ sung để tìm trực tiếp DNA 15

Tuyển chọn dòng mục tiêu Để có thể phân lập dòng tế bào chủ tái tổ hợp chứa gen mục tiêu trong một thư viện DNA hay một thư viện cdna, người ta phải sử dụng các phương pháp sàng lọc. Thông thường các phương pháp sàng lọc được xây dựng dựa trên việc sử dụng mẫu dò DNA. Mẫu dò DNA (probe) là một đoạn oligonucleotide được đánh dấu và nó bổ sung hoặc bổ sung một phần với gen mục tiêu. Tuyển chọn dòng mục tiêu - Gen được biểu hiện trong tế bào chủ là vi khuẩn: + Lai miễn dịch (Western blotting, Immunoblotting) + Hoạt tính enzyme + Bổ trợ đột biến (gen ngoại lai đồng dạng với gen của tế bào chủ) - Gen ngoại lai không biểu hiện trong tế bào chủ: + Lai insitu: + Lai khuẩn lạc (colony hybridization): vector là plasmid + Lai plaque (plaque colonization): vector là phage Vector biểu hiện (expression vector) - Để biểu hiện gen ngoại lai: + Thu protein tái tổ hợp + Nghiên cứu các yếu tố điều hòa thể hiện của gen - Gen ngoại lai được kiểm soát bằng promoter được nhận diện bởi RNA polymerase của tế bào chủ: + Promoter mạnh + Khung dịch mã đúng + Promoter thường dùng: lac, trp (cơ chế tắt mở) 16

Ứng dụng thực tiễn của kỹ thuật di truyền Ứng dụng của Sinh học phân tử Công nghệ tạo các sinh vật mới có ích. - Sản xuất những sản phẩm trao đổi chất của vi sinh vật - Sản xuất vắcxin phòng chống virus - Sản xuất protein của động vật hữu nhũ - Tạo ra các thực vật, động vật chuyển gen - Phân lập và ứng dụng nguồn gen vi sinh trong xử lý môi trường - Tạo các thuốc điều hòa sự thể hiện của gen - Liệu pháp gen chữa trị các bệnh di truyền Trong nông nghiệp Những nghiên cứu chủ yếu tập trung vào việc: Nâng cao năng suất nuôi trồng Công nghệ sản xuất giống cây trồng, vật nuôi vượt giới hạn của tiến hóa để chống chịu bệnh, thích nghi với các điều kiện sinh thái và cho năng suất cao. Tạo ra các thế hệ động vật mới Có thêm một số tính trạng mới Nhiều trứng hơn Tỷ lệ nạc cao hơn Saûn phaåm coâng nghieäp Công nghệ sản xuất các loại thực phẩm mới có giá trị dinh dưỡng cao, có giá trị thuốc dinh dưỡng, các chất bổ sung (các vitamin..) các protein đơn bào. 17

Từ những năm 1970, các nhà khoa học đã có thể chuyển một gen lạ vào vi khuẩn và bắt nó biểu hiện gen Tuy nhiên, những protein phục vụ cho nhu cầu của con người ngày càng đòi hỏi phức tạp và cơ thể vi khuẩn không biểu hiện được và cần đến động vật chuyển gen Năm 1998 có khoảng dưới 1% dược phẩm là protein được tổng hợp tái tổ hợp nhưng trị giá tới 12 tỷ USD Sản phẩm thành công đầu tiên của con người về sản xuất sản phẩm sinh học thông qua chuyển gen là Insulin và hormon sinh trưởng vào vi khuẩn (1982 và 1987) Trong Y hoïc Người ta dự tính chỉ cần 600 con bò chuyển gen là có thể cung cấp đủ nhu cầu của cả thế giới về một dược phẩm là moät protein nào đó (ví dụ human Serum albumin điều trị bỏng) Tìm hiểu các gen gây bệnh như gen gây loạn dưỡng cơ tim, ung thư, miễn dịch, hồng cầu lưỡi liềm. Liệu pháp gen và liệu pháp thay thế tế bào và mô. Dùng phương pháp chuyển gen để tạo động vật thí nghiệm mà bị loại bỏ hoặc khoá các gen nào đó để xác định chức năng của gen. Tạo ra các loại protein, hormon, yếu tố sinh trưởng dùng trong trị liệu (chủ yếu trong sữa và trong huyết thanh) Thay đổi cấu trúc giải phẫu, sinh lý cơ quan, nội tạng (đưa một số gen mới, loại bỏ một số gen) nhằm phục vụ mục đích cấy ghép nội tạng. 18

Phương pháp chuẩn đoán bệnh mới Kỹ thuật tạo dòng(cloning) và đặc biệt là kỹ thuật PCR đưa đến kỹ thuật chuẩn đoán mới bằng lai DNA và RNA. Phương pháp này hiện đang được ứng dụng rộng rãi trong chuẩn đoán các bệnh di truyền, quan hệ dòng họ, tội phạm hình sự. Một số thành tựu ở Việt Nam 1997, hoàn thiện quy trình công nghệ chuyển gen hormon sinh trưởng người vào cá vàng (Carassius auratus) Năm 2003, Viện Sinh học nhiệt đới đã chuyển gen Bt kháng sâu vào cây thuốc lá (Nicotiana tabacum) và cây ngô (Zea mays) Năm 2005, Viện Sinh học nhiệt đới đã chuyển gen hormon sinh trưởng người vào cá chép (Cyprinus carpio) 19